明太祖朱元璋，也与历史上其他封建帝王一样，极端重视自己的葬身之处。其目的和用意有二：他们都相信人死后成鬼，鬼也要生活，当皇帝的鬼要过着如生前一样的高贵生活。所以一定要把葬身的地方亲自建设得满意；他们又都相信阴阳五行的“风水”之说，认为自己会当皇帝，是祖先葬在龙脉上的原因。为了自家天下传至万世，所以自己也一定要寻找“风水”最好的地方来埋葬尸骨。
为了这件事，朱元璋也切实化了一番苦心。历代相传，自春秋时期楚威王说南京的钟山有“王气”，在公元前333年在此掘土埋金以镇之，钟山才有最早的山名叫金陵山。公元前210年秦始皇东巡会稽（今浙江绍兴），途经吴（今江苏苏州）时又听“望气者言，五百年后金陵有天子气”，就下令开凿钟山，“通流以泄王气”。看来朱元璋是相信这些传说的。他为朱家的王气不断，在登上皇位以后，就决定在钟山建造自己的陵墓。
钟山方圆60里，到底哪里是“风水宝地”的“龙脉”所在？在哪里建墓最好？
为此，朱元璋请出精通阴阳五行之说的刘基，带着自幼一起成长的开国功臣徐达、汤和，四人同行，遍踏钟山选址，并规定不得明言，每人把自己认为最好的地方写好后藏在衣袖之内，然后一起亮出。结果，不约而同，三人都选定了今天明孝陵这个位置。就这样，最后决定了朱元璋死后的葬身之处。
“钟山龙蟠”。自古人们以龙比喻钟山。朱元璋他们选中的这个地点的名称，叫做“独龙阜”；针对其上，名为“玩珠峰”。这里，不是一片荒原，而有一所著名的古刹建在上面：南朝刘宋元嘉年间（424—453年）建立的道林寺（洪武初改称蒋山寺）和名僧宝志塔。尽管朱元璋出身和尚，为了祈求朱氏帝系万世，也顾不得佛祖了。为建他的墓，也就横下心来请寺庙和名僧塔一起搬家了。
洪武十四年（1381年）蒋山寺及宝志塔迁建于东岗，改名为“大灵谷寺”（明代灵谷寺毁于太平天国战争，仅存无梁殿。现寺庙是清末同治年间新建）。蒋山寺南的小山岗，因为东吴大帝孙权的陵墓所在而称孙陵岗（今名梅花山），刘基曾建议在迁寺的同时一并迁走，却遭朱元璋的否决。其理由是：“孙权亦是好汉子。留他看门！”
寺庙迁走，立即开始破土建墓。墓由地下墓室与地面殿宇两大部分组成。工程由朱元璋的同乡、崇山侯李新负责，从洪武十四年到洪武十六年（1381～1383年），花了3年时间，基本上完成了规模宏大的陵墓建筑。可惜百余年前地面建筑毁于战火，仅存碑刻、神道石像生、方城和宝顶等不易焚毁的建筑物。
洪武十五年（1382年）八月，皇后马氏死。朱元璋亲自于九月将皇后送入孝陵；同时，把死于洪武七年（1374年）的爱妃成穆贵妃孙氏一并附葬入内。16年后，洪武三十一年（1398年）闰五月初十日，“素少疾病”的朱元璋，“临朝决事不倦，如平时”，在会议上突然发病，含笑死去。终年70岁。6日后葬入孝陵。据《明太祖实录》记载，朱元璋有遗嘱，要求丧事从简，一律不用金、玉陪葬；陵墓建筑“因其故”，不要再加建其他；“天下臣、民”只在出棺送葬时戴孝致哀，三日后便可脱下孝服，一切照常，嫁娶喜庆，一概无妨。
至于是否真的墓内没有金、玉，这尚待孝陵发掘后始得证实。但是，自东汉时废止活人殉葬的制度，却在千年后的孝陵中复活。史籍记载，宫女附葬有46名。而近年来在孝陵西面，今中山植物园范围出土了数座宫女墓，得到了殉葬的实证。这到底是朱元璋的本意，还是大臣们在他死后的献媚，尚不得而知。这一历史的倒退，直至1464年才由明英宗朱祁镇在遗诏中下令而废止这一残酷的奴隶社会的恶习。
南京孝陵是朱元璋的陵墓，朱元璋的尸骨存放在墓中，本应该没有疑问。可是，南京民间的口碑和入清以来一些私家史著中存有异说。诸如说朱元璋因杀人过多，为防止别人报复掘墓，学曹操搞“疑棺冢”，把自己真身埋在别处。说出棺时，南京13座城门同时出棺，造成人们不知哪是真棺；有说真身埋在城内朝天宫山内，有说埋在北京煤山（今景山公园）土下，并有人还赋诗说由此造成“后来孝陵传夜哭，应缘马后悲孤独！”当然，这些说法都非事实，均属小说家的造作。
“盖棺论定”。纵观朱元璋70年（1328～1398年）历史活动的内容及其实质，对朱元璋其人其事，应该有一个正确的判断。
首先，朱元璋在我国长达2000多年的封建社会中，是唯一的一位出身于真正平民百姓的皇帝。就是常为朱元璋奉为唯一同类的汉高祖刘邦，还是一方的“亭长”出身。战国时，农村的基层政权形式为乡、亭，十亭为一乡。亭长相当于民国时期的保长，负责本亭治安、诉讼和民事处理。只有朱元璋是历代贫困，吃尽人间的苦，直至出家为僧求得活命的皇帝。
第二，朱元璋是我国古代封建社会中的一位卓越的政治家和军事家。他的军事才能与政治才能并不是天生的，而是在他的长期浴血奋斗中锻炼出来的，是时势造就的英雄人物，如没有元末政治的腐败，没有遍及全国如火如荼的农民战争，就不会有朱元璋的加入；如果没有在反元战争与群雄角逐中斗智斗勇的磨练，朱元璋就不会有纵横捭闽的技艺、洞察全局的眼光、决战决胜的本领、综理国政的才能。
朱元璋也有他的黑暗面。他和所有的封建帝王一样，为了确保朱家的天下万世不变，对敢于反抗的人民便进行无情地镇压，对于知识分子则采取严格的思想控制（如推行文字狱等），实行集权政治，特别是猜疑和杀戮大批开国功臣并株连无辜等方面也超过了前代君王。
